1939年2月28日出生在中国河南省平顶山市宝丰县肖旗乡范庄村一个农民家庭。在村里小学毕业后，他于1951年在北京读书，次年到香港培正中学就读。1957年香港培正中学毕业，1958年赴美国深造，就读于伊利诺伊州奥古斯塔纳学院。1967年在美国芝加哥大学获物理学博士学位，此后到著名的贝尔实验室工作。1982年起任普林斯顿大学电子工程系教授，主要从事电子材料基本性质等领域的研究。是美国国家科学院院士。1984年获浓缩物质物理巴克利奖； 1998年获本杰明·富兰克林物理奖。
1998年10月13日，瑞典皇家科学院宣布把1998年诺贝尔物理奖授予崔琦与德国科学家霍斯特·施特默和美国科学家罗伯特·劳克林，主要表彰他们发现并解释了电子量子流体这一特殊现象。崔琦是继杨振宁、李正道、丁肇中、朱棣文等人之后，第7位获得诺贝尔奖的华裔。
2000年6月，崔琦当选为中国科学院外籍院士。2004年当选美国国家工程院院士。2005年被聘为中科院荣誉教授。崔琦的主要学术兴趣是研究金属和半导体中电子的性质。他的这些研究将可应用于研制功能更强大的计算机和更先进的通信设备。崔琦娶美国人为妻，育有二女。
